Morpholine-4-carboxamidine hydrobromide ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์อนุพันธ์กวานิดีน ซึ่งเป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายา ประกอบยังถูกใช้ในการผลิตสีย้อมและเม็ดสีบางชนิด โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลัก นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในสาขาเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจเป็นไปได้ เช่น สารต้านจุลินทรีย์หรือต้านไวรัส บทบาทของมันในการอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยาเคมีที่ซับซ้อนทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในกระบวนการวิจัยและอุตสาหกรรมที่มุ่งพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ