เมทิลเบนซิมิเดต ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักๆ ในสาขาชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล เป็นสารเคมีสำหรับดัดแปลงโปรตีนและเปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการนำกลุ่มเอสเตอร์เข้าไปในโมเลกุล ซึ่งมีประโยชน์ในการศึกษาการเชื่อมขวางหรือสำหรับการติดฉลากโปรตีน สารประกอบนี้มักใช้ในการสังเคราะห์เมทริกซ์โครมาโทกราฟีแบบแอฟฟินิตี ซึ่งช่วยในการตรึงลิแกนด์ลงบนตัวรองรับของแข็ง นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการเตรียมอิมมูโนเจนและในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีน ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในงานวิจัยและการวินิจฉัย ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับกลุ่มอะมิโนภายใต้สภาวะอ่อนโยนทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบสำหรับกลยุทธ์การไบโอคอนจูเกชันต่างๆ