คาโนซามีนไฮโดรคลอไรด์เป็นสารที่มีคุณสมบัติต้านจุลชีพ สามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียและเชื้อรา ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมีและการพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะยาปฏิชีวนะและยารักษาอื่นๆ ที่มีคุณสมบัติต้านจุลชีพ ทำให้มีคุณค่าในการค้นคว้าและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาการเผาผลาญคาร์โบไฮเดรตและกระบวนการทางเอนไซม์ เพื่อช่วยให้เข้าใจเส้นทางชีวเคมี มีการศึกษาการนำไปใช้ในด้านการเกษตรเพื่อควบคุมโรคพืชที่เกิดจากเชื้อจุลินทรีย์ และขยายไปสู่การพัฒนาการรักษาใหม่สำหรับการติดเชื้อแบคทีเรียและความผิดปกติทางเมแทบอลิซึม