Amikacin hydrate ใช้อย่างแพร่หลายในวงการแพทย์ในฐานะยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียรุนแรง มีประสิทธิภาพโดยเฉพาะต่อแบคทีเรียแกรมลบ รวมถึง Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli และสปีชีส์ Klebsiella มักใช้ในสถานพยาบาลสำหรับการติดเชื้อ เช่น โรคปอดอักเสบ การติดเชื้อในกระแสเลือด และการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ โดยเฉพาะเมื่อยาปฏิชีวนะอื่นล้มเหลว Amikacin hydrate ยังใช้ในการรักษาวัณโรค ร่วมกับยาต้านวัณโรคอื่นๆ เนื่องจากความแรงสูง มักให้ทางฉีด เข้าทางกล้ามเนื้อหรือหลอดเลือดดำ เพื่อให้ส่งผลรวดเร็วและมีประสิทธิภาพ การตรวจสอบการทำงานของไตและการได้ยินอย่างใกล้ชิดจำเป็นระหว่างการรักษา เนื่องจากอาจก่อให้เกิดพิษต่อไตและพิษต่อการได้ยิน