เบดาควิลีนถูกใช้ในการรักษาวัณโรคที่ดื้อยาหลายชนิด (Multidrug-resistant tuberculosis หรือ MDR-TB) โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่ไม่ตอบสนองต่อการรักษาด้วยยามาตรฐาน ยานี้ช่วยยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ที่จำเป็นสำหรับการสร้างพลังงานในเชื้อ Mycobacterium tuberculosis ทำให้เชื้อไม่สามารถเจริญเติบโตและแพร่พันธุ์ได้ แพทย์มักจะใช้เบดาควิลีนร่วมกับยาอื่นๆ ในโปรแกรมการรักษาที่ออกแบบมาเฉพาะสำหรับผู้ป่วยแต่ละราย เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงของการดื้อยาเพิ่มเติม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลอย่างใกล้ชิดของแพทย์ เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่รุนแรง เช่น ผลกระทบต่อตับและหัวใจ