Pertussis Toxin ถูกนำมาใช้ในทางการแพทย์และวิจัยทางวิทยาศาสตร์อย่างกว้างขวาง ในด้านการแพทย์ มันถูกใช้เป็นส่วนประกอบในวัคซีนป้องกันโรคไอกรน เพื่อกระตุ้นการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันให้สร้างแอนติบอดี้ต่อเชื้อ Bordetella pertussis ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคไอกรน ในด้านการวิจัย Pertussis Toxin ถูกใช้เป็นเครื่องมือในการศึกษากลไกการส่งสัญญาณภายในเซลล์ เนื่องจากมันสามารถยับยั้งโปรตีน G ซึ่งเกี่ยวข้องกับการสื่อสารระหว่างเซลล์ ทำให้สามารถเข้าใจกระบวนการทางชีววิทยาที่ซับซ้อนได้ดีขึ้น นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษาผลกระทบต่อระบบภูมิคุ้มกันและพัฒนาวิธีการรักษาใหม่ๆ