เมทิล 5-อะมิโน-2-ไซยาโนเบนโซเอท ถูกใช้หลักๆ เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์ยาและสารอินทรีย์ต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและไซยาโน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมียารักษา มักใช้ในการพัฒนายาที่เล็งเป้าหมายเส้นทางชีวภาพเฉพาะ โดยเฉพาะในการสร้างตัวยับยั้งหรือตัวปรับเปลี่ยนสำหรับเอนไซม์และตัวรับ นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสีย้อมและเม็ดสี ที่ซึ่งกลุ่มฟังก์ชันช่วยในการก่อตัวของสารย้อมสีซับซ้อน บทบาทในสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการเตรียมสารเคมีเกษตร ที่ช่วยในการพัฒนาสารที่มีคุณสมบัติกำจัดศัตรูพืชหรือวัชพืช