Herbimycin C ถูกใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษากระบวนการเซลล์และเส้นทางส่งสัญญาณ มันทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่แรงของโปรตีน heat shock protein 90 (Hsp90) ซึ่งเป็นโปรตีน chaperone ที่เกี่ยวข้องกับการคงสถานะและกระตุ้นโปรตีนลูกค้าจำนวนมาก รวมถึง kinase และ transcription factor โดยการรบกวนการทำงานของ Hsp90 ช่วยให้นักวิจัยตรวจสอบบทบาทของโปรตีนนี้ในมะเร็ง โรคเสื่อมถอยของระบบประสาท และโรคอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสำรวจกลไกของการพับโปรตีน การย่อยสลาย และการตอบสนองต่อความเครียดในเซลล์ การประยุกต์ใช้ในงานทดลองได้ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับเป้าหมายบำบัดที่เป็นไปได้สำหรับโรคที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนที่พับผิดหรือควบคุมผิดปกติ