(R)-3-Hydroxymethylmorpholine ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นบล็อกสร้างทางชิราล์ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการผลิตส่วนประกอบยาที่มีฤทธิ์ (APIs) โครงสร้างทางสเตอรีโอของมันทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ ซึ่งสำคัญต่อประสิทธิภาพและความปลอดภัยของยา มันมักถูกใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) นอกจากนี้ มันยังทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน ทำให้สามารถนำวงแหวนมอร์โฟลีนเข้าไปในโครงสร้างยา ซึ่งสามารถเพิ่มการดูดซึมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม การประยุกต์ใช้นอกจากนี้ยังขยายไปถึงสารเคมีเกษตร ที่ซึ่งมันถูกใช้ในการพัฒนายาฆ่าหญ้าชิราล์และยาฆ่าแมลงที่มีกิจกรรมและความเลือกสรรที่ดียิ่งขึ้น