ใช้ Boc-D-Alaninol เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเปปไทด์และเปปไทด์มิเหมือน (peptidomimetics) ซึ่งมีความสำคัญในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ต้องการความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพ เนื่องจากหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโน ช่วยควบคุมการเกิดปฏิกิริยาในขั้นตอนการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ โครงสร้างของ D-Alaninol ยังช่วยเพิ่มความเสถียรต่อการย่อยสลายของเอนไซม์ ทำให้สารที่ได้มีชีวภาพคงตัวมากขึ้น นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสร้างสารต้นแบบ (lead compounds) สำหรับการคัดกรองฤทธิ์ทางชีวภาพ