(S)-2-Aminopentan-1-ol hydrochloride ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตสารตั้งต้นสำหรับยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีอินทรีย์ เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง และใช้เป็นรีเอเจนต์ในห้องปฏิบัติการสำหรับการทดสอบและวิเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ