เมลาแกทรานถูกใช้เป็นสารต้านการแข็งตัวของเลือด โดยออกฤทธิ์โดยตรงต่อธรอมบิน ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญในกระบวนการแข็งตัวของเลือด การใช้งานหลักของเมลาแกทรานคือการป้องกันและรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการเกิดลิ่มเลือด เช่น ภาวะลิ่มเลือดอุดตันในหลอดเลือดดำลึก (Deep Vein Thrombosis) และภาวะลิ่มเลือดอุดตันในปอด (Pulmonary Embolism) นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในผู้ป่วยที่ต้องผ่าตัดเพื่อลดความเสี่ยงของการเกิดลิ่มเลือดระหว่างและหลังการผ่าตัด เมลาแกทรานมักใช้ในรูปแบบฉีด และต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิดเพื่อป้องกันผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เช่น การตกเลือด