Sulfo-Cy5 diacid, SE ใช้อย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวการแพทย์ โดยเฉพาะในการติดฉลากสารชีวโมเลกุล เช่น DNA, RNA, และโปรตีน เพื่อใช้ในการตรวจสอบและวิเคราะห์ผ่านเทคนิคต่างๆ เช่น การถ่ายภาพด้วยแสง (fluorescence imaging) และการไหลเวียนของเซลล์ (flow cytometry) เนื่องจากมีคุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแรงและเสถียรในบริเวณแสงใกล้อินฟราเรด ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในระบบชีวภาพที่มีการรบกวนจากพื้นหลังต่ำ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุล การติดตามเซลล์ และการวินิจฉัยโรคด้วยเทคนิคทางแสง