ใช้ในงานสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกสร้างที่ป้องกันแล้ว Ac-Ala-OMe ทำหน้าที่เป็นสารโมเดลสำหรับศึกษาการสร้างพันธะเปปไทด์และกิจกรรมของเอนไซม์ มักใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีเพื่อตรวจสอบจลนศาสตร์และความจำเพาะของโปรติเอส เนื่องจากปลาย N-terminus ที่ถูกอะเซทิลและปลาย C-terminus ที่เป็นเมทิลเอสเทอร์ ซึ่งเลียนแบบการดัดแปลงเปปไทด์ตามธรรมชาติ ความเสถียรและความละลายของมันทำให้เหมาะสำหรับใช้ในการสังเคราะห์แบบเฟสละลายและการทดสอบจลนศาสตร์ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการเตรียมลำดับเปปไทด์ที่ใหญ่กว่าและยาเปปไทด์มิมิติก โดยกลุ่มอะเซทิล (Ac) ทำหน้าที่ป้องกัน N-terminal และกลุ่มเมทิลเอสเทอร์ (OMe) ป้องกัน C-terminal เพื่อควบคุมทิศทางการสังเคราะห์ให้มีประสิทธิภาพและลดปฏิกิริยาข้างเคียง