ใช้ในห้องปฏิบัติการทางชีววิทยาโมเลกุลเพื่อตัดหมู่ฟอสเฟตออกจากปลายของดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอ เพื่อป้องกันการต่อตัวเองและเพิ่มประสิทธิภาพการต่อดีเอ็นเอใหม่ในขั้นตอนการคลอนนิ่ง โดยเฉพาะในกระบวนการคลอนนิ่งด้วยเอนไซม์ตัดจำกัดและการเตรียมเวกเตอร์

นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวติดฉลากในชุดทดสอบภูมิคุ้มกัน (เช่น ELISA) เพื่อตรวจหาแอนติบอดีหรือโปรตีนเป้าหมาย โดยเมื่อเอนไซม์นี้จับกับสารตั้งต้นจะเกิดปฏิกิริยาให้สีหรือแสง ซึ่งสามารถวัดค่าได้ด้วยความไวสูง

ในทางการแพทย์ ใช้ตรวจระดับของเอนไซม์นี้ในเลือดเพื่อประเมินภาวะตับหรือกระดูกผิดปกติ เช่น โรคกระดูกอ่อน โรคตับ หรือภาวะท่อทางน้ำดีอุดตัน เนื่องจากระดับเอนไซม์จะสูงขึ้นในภาวะเหล่านี้

ใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยสำหรับการตรวจจับโปรตีนในเทคนิค Western blotting และเทคนิคการ blot อื่นๆ