ใช้ในการตัดดีเอ็นเอที่ลำดับนิวคลีโอไทด์เฉพาะ ซึ่งช่วยในกระบวนการโคลนนิ่ง การวิเคราะห์พันธุกรรม และการสร้างเวกเตอร์การแสดงออกในงานวิจัยชีววิทยาโมเลกุล โดยสามารถตัดดีเอ็นเอได้อย่างแม่นยำที่ตำแหน่งเป้าหมาย ทำให้เหมาะสำหรับการเตรียมชิ้นดีเอ็นเอสำหรับการต่อชิ้น (ligation) หรือการตรวจสอบโครงสร้างยีน นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อการแยกและศึกษาฟังก์ชันของยีนต่าง ๆ