เอซิล-โคเอ ซีเนสเทสใช้ในกระบวนการเมตาบอลิซึมของกรดไขมัน โดยทำหน้าที่ในการกระตุ้นกรดไขมันให้กลายเป็นเอซิล-โคเอ ซึ่งเป็นรูปแบบที่พร้อมสำหรับการเผาผลาญในเซลล์ เอนไซม์นี้มีความสำคัญในการสังเคราะห์ไขมันและการสลายไขมันเพื่อผลิตพลังงาน นอกจากนี้ยังมีบทบาทในกระบวนการสังเคราะห์และสลายสารชีวโมเลกุลอื่นๆ เช่น ฟอสโฟลิปิดและไตรกลีเซอไรด์ การทำงานของเอซิล-โคเอ ซีเนสเทสจึงมีความสำคัญต่อการรักษาสมดุลพลังงานในร่างกายและการทำงานปกติของเซลล์