เอซิล-โคเอ ซินเทตาสมีบทบาทสำคัญในกระบวนการเมตาบอลิซึมของลิพิด โดยทำหน้าที่กระตุ้นกรดไขมันให้กลายเป็นเอซิล-โคเอ ซึ่งจำเป็นสำหรับการผลิตพลังงานและการสังเคราะห์ชีวภาพ เอนไซม์นี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาการเมตาบอลิซึมของกรดไขมันและเส้นทางการส่งสัญญาณลิพิด ในงานอุตสาหกรรม เอนไซม์นี้ถูกใช้ในการผลิตเชื้อเพลิงชีวภาพ โดยช่วยแปลงกรดไขมันให้เป็นแหล่งพลังงานที่สามารถใช้งานได้ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบฐานลิพิดต่างๆ สำหรับเภสัชกรรมและเครื่องสำอาง ในวิศวกรรมเมตาบอลิก เอซิล-โคเอ ซินเทตาสถูกใช้เพื่อเพิ่มการผลิตผลิตภัณฑ์ที่ได้จากกรดไขมันในจุลินทรีย์ หน้าที่ของมันยังมีความสำคัญในการทำความเข้าใจความผิดปกติทางเมตาบอลิกที่เกี่ยวข้องกับการออกซิเดชันกรดไขมัน ซึ่งช่วยในการพัฒนากลยุทธ์การรักษา