5-Bromo-4-chloro-3-indolyl acetate ใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมีและจุลชีววิทยาเป็นสารตั้งต้นสำหรับการทดสอบเอนไซม์ โดยเฉพาะในการตรวจจับกิจกรรมของเอสเทอเรส เมื่อเอสเทอเรสทำปฏิกิริยากับมัน สารนี้จะถูกไฮโดรไลซ์เพื่อผลิตสีย้อมสีน้ำเงินที่ไม่ละลายน้ำ ซึ่งช่วยในการมองเห็นกิจกรรมของเอนไซม์ในเจลอิเล็กโทรโฟรีซิสหรือการย้อมสีฮิสโตเคมีคอล นอกจากนี้ยังใช้ในงานเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อพืชเพื่อติดตามความมีชีวิตของเซลล์และการแยกต่างหาก เนื่องจากการแปลงทางเอนไซม์ให้ตัวบ่งชี้ทางสายตาที่ชัดเจนของกระบวนการเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นรีเอเจนต์ในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับตรวจจับปฏิกิริยาเอนไซม์เฉพาะในสถานการณ์ทดลองต่างๆ