Nonafluorobutanesulfonic anhydride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารเคมีที่ทรงพลังสำหรับการนำกลุ่ม nonafluorobutanesulfonyl เข้าสู่โมเลกุล กลุ่มนี้มีลักษณะดึงอิเล็กตรอนสูง ทำให้มีคุณค่ากในการสร้างสารกลางสำหรับเภสัชกรรม สารเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ในการสังเคราะห์ซัลโฟนาไมด์และเอสเทอร์ซัลโฟเนต ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญในการพัฒนายา นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือตัวกระตุ้นในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ รวมถึงเอสเทอร์ริฟิเคชันและโพลิเมอร์ไรเซชัน เนื่องจากมีลักษณะ electrophilic ที่แรง ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวหรือสร้างโพลิเมอร์ฟลูออรีนที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความต้านทานต่อสารเคมีและความเสถียรทางความร้อนที่เพิ่มขึ้น รวมถึงการสังเคราะห์สารลดแรงตึงผิว (surfactants) สารช่วยในการเคลือบผิว (coating agents) และสารเคลือบป้องกันในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์