Bis-Mal-PEG6 ใช้ในการเชื่อมต่อโมเลกุลทางชีวภาพ เช่น เปปไทด์หรือโปรตีน เนื่องจากมีกลุ่ม Maleimide ที่สามารถทำปฏิกิริยากับกลุ่ม Thiol ได้อย่างเฉพาะเจาะจง ทำให้เหมาะสำหรับการปรับเปลี่ยนโมเลกุลในกระบวนการทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและระบบนำส่งยา โดยช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของยา PEG6 ในโครงสร้างยังช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในน้ำ ทำให้สารนี้มีประโยชน์ในงานวิจัยและการพัฒนาทางเภสัชกรรม