นิเพโรทิดีนถูกใช้เป็นยาต้านฮิสตามีนที่มีฤทธิ์ยับยั้งตัวรับ H2 ซึ่งช่วยลดการผลิตกรดในกระเพาะอาหาร มักใช้ในการรักษาและป้องกันโรคที่เกี่ยวข้องกับกรดในกระเพาะอาหาร เช่น โรคแผลในกระเพาะอาหาร โรคกรดไหลย้อน และอาการอาหารไม่ย่อย นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการป้องกันแผลในกระเพาะอาหารที่เกิดจากการใช้ยาในกลุ่ม NSAIDs เป็นเวลานาน ยานี้ช่วยบรรเทาอาการปวดท้องและลดความเสี่ยงของภาวะแทรกซ้อนจากกรดเกินในระบบทางเดินอาหาร