Heparinase II จาก Flavobacterium heparinum มีการใช้งานหลักในด้านการวิจัยชีวเคมีและการพัฒนายาเพื่อศึกษและปรับเปลี่ยนโครงสร้างของเฮปารินและเฮปารานซัลเฟต เอนไซม์นี้ช่วยในการวิเคราะห์ส่วนประกอบและลำดับของโพลีแซคคาไรด์ที่ซับซ้อนเหล่านี้ ซึ่งสำคัญต่อการทำความเข้าใจบทบาททางชีววิทยาและปฏิกิริยาของ它们 รวมถึงกระบวนการเช่น การอักเสบ การเจริญเติบโตของเซลล์ และการแพร่กระจายของมะเร็ง

นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตเฮปารินโมเลกุลต่ำ ซึ่งเป็นยาต้านการแข็งตัวของเลือด และในกระบวนการผลิตยาและวัคซีนเพื่อกำจัดเฮปารินที่ปนเปื้อน

ในสถานพยาบาล ช่วยในการพัฒนาวิธีทดสอบเพื่อวัดระดับเฮปารินในเลือด เพื่อให้มั่นใจในการให้ยาอย่างปลอดภัยและมีประสิทธิภาพสำหรับผู้ป่วยที่ได้รับการบำบัดต้านการแข็งตัว นอกจากนี้ ยังใช้เพื่อลดผลกระทบของเฮปารินส่วนเกินในเลือด เช่น ในกรณีที่ผู้ป่วยได้รับเฮปารินมากเกินไป