Chondroitinase AC ใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อย่อยสลาย chondroitin sulfate A และ C อย่างเลือกสรร ซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักของเมทริกซ์นอกเซลล์ เอนไซม์นี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการศึกษาบทบาทของไกลโคซามิโนไกลแคนในกระบวนการเซลล์ การปรับโครงสร้างเนื้อเยื่อ และการฟื้นฟูระบบประสาท ใช้ในการเตรียมตัวอย่างเนื้อเยื่อสำหรับการวิเคราะห์ เพื่อช่วยในการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างและหน้าที่ในเนื้อเยื่อเกี่ยวพันธ์ นอกจากนี้ Chondroitinase AC ยังถูกนำมาใช้ในโมเดลทดลองการบาดเจ็บไขสันหลังเพื่อส่งเสริมการเจริญเติบโตของแอกซอน โดยการกำจัด chondroitin sulfate proteoglycans ที่ยับยั้ง ทำให้เพิ่มการซ่อมแซมระบบประสาท ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในงานวิจัยชีวการแพทย์ทั้งพื้นฐานและประยุกต์