Ethyl 5-chloro-2-iodobenzoate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำหรับการเตรียมสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการโครงสร้างอะโรมาติกที่มีฮาโลเจน โครงสร้างที่มีอะตอมคลอรีนและไอโอดีนทั้งคูาบนวงเบนซีนทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Sonogashira ซึ่งจำเป็นต่อการค้นพบและพัฒนายา นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ซึ่งสารอะโรมาติกที่มีฮาโลเจนมักมีบทบาทสำคัญในกิจกรรมทางชีวภาพของยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช กลุ่มเอสเตอร์ของมันยังช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตสารเคมีพิเศษและสารเคมีละเอียด