ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีน หมู่ฟลูออโรซัลโฟนิลช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกสรรในวงแหวนอะโรมาติก ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างตัวยับยั้งที่อิงจากซัลโฟนิลฟลูออไรด์ ตัวยับยั้งเหล่านี้ถูกนำมาใช้มากขึ้นในโปรตีโอมิกส์และการค้นพบยา เนื่องจากความสามารถในการจับติดแบบโคเวเลนต์กับ残基ในไซต์ออกฤทธิ์ของเอนไซม์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวติดตาม PET (positron emission tomography) โดยอะตอมโบรมีนช่วยอำนวยในการติดฉลากรังสีด้วยไอโซโทป เช่น โบรมีน-76 หรือคาร์บอน-11 ความตอบสนองของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง ขยายการใช้งานในการสร้างโมเลกุลชีวภาพที่ซับซ้อน