ไทรแพน บลู ใช้เป็นสีย้อมสำคัญในการวิจัยทางชีววิทยาเพื่อแยกแยะระหว่างเซลล์ที่มีชีวิตและเซลล์ที่ตายแล้ว โดยย้อมสีเซลล์ที่ตายให้เป็นสีน้ำเงิน ในขณะที่เซลล์ที่มีชีวิตไม่ถูกย้อมสี ช่วยประเมินความมีชีวิตของเซลล์โดยการตรวจสอบความสมบูรณ์ของเยื่อหุ้มเซลล์ มักใช้ในงานเพาะเลี้ยงเซลล์ วิศวกรรมเนื้อเยื่อ และจุลชีววิทยา นอกจากนี้ยังใช้ในจักษุวิทยาระหว่างการผ่าตัดต้อกระจกเพื่อย้อมสีแคปซูลด้านหน้าของเลนส์ ทำให้มองเห็นชัดเจนขึ้นสำหรับขั้นตอนการผ่าตัด และช่วยในการศึกษาความถี่ทะลุผ่านของเซลล์ รวมถึงการระบุเนื้อเยื่อที่เสียหายในแอปพลิเคชันวินิจฉัยต่างๆ เช่น การทดสอบความเป็นพิษของสารเคมีหรือประสิทธิภาพของยา ไทรแพน บลูจึงเป็นเครื่องมือสำคัญในงานวิจัยทางชีววิทยาและเวชศาสตร์