สารละลายอัลิซาเรนเรด เอส ใช้เป็นตัวย้อมในงานวิเคราะห์ทางชีววิทยาและเคมี โดยเฉพาะในการตรวจจับแคลเซียมในเนื้อเยื่อหรือเซลล์ เนื่องจากสามารถจับกับแคลเซียมไอออนได้ดี ทำให้เกิดสีแดงเข้มที่มองเห็นได้ชัด จึงนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อตรวจสอบการสะสมของแคลเซียมในตัวอย่างชีวภาพ เช่น ในกระดูก เนื้อเยื่อหัวใจ หรือเซลล์ที่มีการแคลเซียมตกค้าง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านวัสดุศาสตร์เพื่อศึกษาการตกตะกอนของแร่ธาตุ และในบางกรณีใช้เป็นตัวบ่งชี้ในปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับโลหะไอออนสองค่า เช่น แมกนีเซียมหรือสังกะสี ซึ่งสามารถเปลี่ยนสีได้เมื่อทำปฏิกิริยา ในอุตสาหกรรม อาจใช้เป็นตัวย้อมในสีหรือหมึก แต่เนื่องจากมีความไวต่อแสงและไม่ทนต่อการซักจึงไม่ค่อยนิยมในงานย้อมผ้าขนาดใหญ่