Alizarin Red S ใช้เป็นสารย้อมสีทางชีววิทยาเพื่อตรวจจับการสะสมของแคลเซียมในเนื้อเยื่อ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการทำฮิสโทโลยีและพยาธิวิทยาสำหรับศึกษาการสร้างกระดูกและกระบวนการแร่ธาตุ นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีวิเคราะห์เป็นตัวบ่งชี้สำหรับการไทเทรชันคอมเพล็กโซเมทรี โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการกำหนดไอออนโลหะเช่นอะลูมิเนียมและแคลเซียม ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ใช้เป็นสีย้อมสำหรับย้อมผ้า โดยเฉพาะขนสัตว์และผ้าไหม เนื่องจากมีสีแดงสดใส นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อมเพื่อประเมินคุณภาพดินและน้ำโดยการตรวจจับไอออนโลหะบางชนิด ความหลากหลายในการย้อมสี การย้อม และการประยุกต์ใช้ทางวิเคราะห์ทำให้เป็นสารประกอบที่มีความสำคัญในสาขาวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรมต่างๆ