AMPHOLINE ใช้ในการแยกและวิเคราะห์โปรตีนและเปปไทด์ด้วยเทคนิคอิเล็กโตรโฟรีซิสแบบไอโซอิเล็กทริกโฟกัส (IEF) เนื่องจากมีความสามารถในการสร้าง pH gradient ที่เสถียร ช่วยให้สามารถแยกโมเลกุลตามจุดไอโซอิเล็กทริก (pI) ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการเตรียมตัวอย่างสำหรับการวิเคราะห์ทางโปรตีโอมิกส์ เพื่อศึกษาคุณสมบัติและหน้าที่ของโปรตีนในงานวิจัยทางชีววิทยาและการแพทย์