ใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เนื่องจากเป็นโครงสร้างพื้นฐานของสารหลายชนิดที่มีบทบาทในร่างกาย เช่น คาเฟอีน และเทโอฟิลลีน ซึ่งมีผลต่อระบบประสาทส่วนกลางและกล้ามเนื้อเรียบ โดยสารอนุพันธ์ของแซนไธน์มักถูกใช้ในการพัฒนายาเพื่อรักษาโรคหอบหืด โรคทางเดินหายใจ และเพื่อกระตุ้นระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานในการวิเคราะห์สารในห้องปฏิบัติการ และมีบทบาทในกระบวนการเมแทบอลิซึมของนิวคลีโอไทด์ในเซลล์