N4-Benzoyl-2'-deoxycytidine ใช้หลักในการวิจัยและสังเคราะห์กรดนิวคลีอิก โดยทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ deoxycytidine ซึ่งกลุ่มเบนโซอิลช่วยปกป้องส่วนของอะมีนระหว่างการสังเคราะห์ oligonucleotide การป้องกันนี้มีความสำคัญในการป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ ทำให้การประกอบลำดับ DNA มีความถูกต้องและมีประสิทธิภาพ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในเทคนิคการสังเคราะห์แบบเฟสของแข็ง ซึ่งช่วยในการผลิต oligonucleotide ความบริสุทธิ์สูงสำหรับการใช้งาน เช่น การตัดต่อยีน PCR และการวินิจฉัยโมเลกุล ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่เชื่อถือได้ในการพัฒนาเส้น DNA แบบกำหนดเองสำหรับการวิจัยและวัตถุประสงค์บำบัด