สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่ถูกดัดแปลง โดยเฉพาะในสาขาการวิจัยกรดนิวคลีอิกและการพัฒนายารักษา โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่มปกป้องเช่น 4,4'-dimethoxytrityl (DMT) และ benzoyl ทำให้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์แบบเฟสตายตัว กลุ่ม DMT ปกป้องหมู่ hydroxyl 5' ระหว่างการประกอบนิวคลีโอไทด์ทีละขั้น ขณะที่กลุ่ม benzoyl ปกป้อง amine exocyclic ของ cytidine การดัดแปลง 2'-O-methyl ช่วยเพิ่มความเสถียรของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่ได้ต่อการย่อยสลายจาก nuclease ทำให้มีคุณค่าในการประยุกต์ใช้ในเทคโนโลยี antisense, RNA interference (RNAi), และการพัฒนาโอลิโกนิวคลีโอไทด์สำหรับการรักษา นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาความโครงสร้างและหน้าที่ของ RNA รวมถึงการออกแบบ RNA สังเคราะห์สำหรับการปิดกั้นและควบคุมยีน