5-Methylcyclocytidine hydrochlorine ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางเภสัชวิทยาและชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการศึกษาการทำงานของ RNA และกระบวนการทางพันธุกรรม มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาต้านไวรัส เนื่องจากมีศักยภาพในการยับยั้งการจำลองแบบของไวรัสบางชนิด นอกจากนี้ยังถูกศึกษาเพื่อประยุกต์ใช้ในด้านการรักษาโรคทางพันธุกรรมและมะเร็ง โดยมุ่งเน้นการปรับเปลี่ยนกระบวนการถอดรหัสและการแปลรหัสทางพันธุกรรม เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ทางการรักษาที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น