ไซทิดีน 5′-ไตรฟอสเฟต ดิโซเดียมซอลต์ ถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมี โดยทำหน้าที่เป็นซับสเตรตในปฏิกิริยาเอนไซม์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ RNA ระหว่างกระบวนการถอดรหัสในหลอดทดลอง (in vitro transcription) สารประกอบนี้จำเป็นสำหรับการศึกษากิจกรรมของ RNA โพลิเมอเรสและการทำความเข้าใจกลไกการสังเคราะห์ RNA นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตโปรบ RNA ที่มีฉลากสำหรับการทดลองไฮบริดิเซชัน ซึ่งช่วยในการวิเคราะห์การแสดงออกของยีน ในงานศึกษาการเมแทบอลิซึม สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์ชีวภาพของนิวคลีโอไทด์และส่วนประกอบเซลล์ที่สำคัญอื่นๆ บทบาทของมันในการถ่ายโอนพลังงานและเส้นทางสัญญาณยังทำให้มีคุณค่าในการสำรวจการเมแทบอลิซึมของเซลล์และจลนศาสตร์เอนไซม์