ใช้เป็นสารกลางในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างซัลโฟนิลเอทานอลช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับการแปลงหมู่ฟังก์ชันหรือการสร้างวงแหวน ยังใช้ในการพัฒนาสารชีวภาพที่มีฐานซัลโฟน เนื่องจากความเสถียรและปฏิกิริยาของส่วนซัลโฟน หมู่เมทอกซิฟีนิลสามารถช่วยในการกำกับการแทนที่ด้วยไฟฟิลิกหรือทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องในสังเคราะห์หลายขั้นตอน