เปอร์ออกซิเดสจากหัวม้า (Horseradish Peroxidase) ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีและการประยุกต์ใช้ด้านการวินิจฉัย มันมีบทบาทสำคัญใน enzyme-linked immunosorbent assays (ELISAs) เพื่อตรวจจับการมีอยู่ของแอนติบอดีหรือแอนติเจนในตัวอย่าง เอนไซม์นี้ยังถูกนำมาใช้ใน immunohistochemistry เพื่อแสดงภาพโปรตีนเฉพาะเจาะจงในส่วนเนื้อเยื่อ ช่วยในการวินิจฉัยโรค นอกจากนี้ ยังถูกใช้ใน biosensor เพื่อตรวจจับ hydrogen peroxide และสารวิเคราะห์อื่นๆ เนื่องจากมีประสิทธิภาพการเร่งปฏิกิริยาสูง ในอุตสาหกรรมอาหาร มันช่วยปรับปรุงคุณภาพและอายุการเก็บรักษาของผลิตภัณฑ์โดยการกำจัดสารประกอบที่ไม่พึงประสงค์ ความสามารถในการเร่งปฏิกิริยาออกซิเดชันทำให้มีคุณค่าในการประยุกต์ใช้ด้านสิ่งแวดล้อม เช่น การบำบัดน้ำเสียและการย่อยสลายมลพิษ