แมงกานีสเพอร์ออกซิเดสจากเชื้อราเน่าไม้ขาว (Phanerochaete chrysosporium) มีการนำไปใช้ในกระบวนการบำบัดน้ำเสีย โดยเฉพาะน้ำเสียที่มีสารประกอบอินทรีย์ที่ย่อยสลายยาก เช่น สารประกอบอะโรมาติกและฟีนอล เอนไซม์นี้ช่วยในการออกซิไดซ์และย่อยสลายสารพิษเหล่านี้ให้เป็นสารที่ปลอดภัยมากขึ้น นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในอุตสาหกรรมกระดาษเพื่อช่วยในการฟอกสีและลดการใช้สารเคมีอันตราย ในด้านการเกษตร เอนไซม์นี้สามารถช่วยในการย่อยสลายวัสดุเหลือใช้ทางการเกษตรเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการหมักปุ๋ย ช่วยลดปัญหาสิ่งแวดล้อมและเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร