ฟลาเวอร์ไซม์ ถูกใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเพื่อเพิ่มรสชาติและกลิ่นหอม โดยเฉพาะในการผลิตซุปผง น้ำซุป ซอสปรุงรส และผลิตภัณฑ์จากถั่วเหลือง เช่น ซอสถั่วเหลืองและมิโสะ เนื่องจากมันสามารถย่อยโปรตีนให้เป็นเปปไทด์และกรดอะมิโนที่มีรสชาติกลมกล่อม เช่น รสอูมามิ ซึ่งช่วยเสริมความเข้มข้นของรสชาติอาหาร นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตโปรตีนไฮโดรเลตจากพืชและสัตว์ เพื่อปรับปรุงคุณภาพทางสัมผัสและย่อยง่ายยิ่งขึ้น ฟลาเวอร์ไซม์จึงเป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนาอาหารที่มีรสชาติดีและมีคุณค่าทางโภชนาการสูง