Boc-D-Trp-OH ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในขั้นตอนการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของทริปโตเฟน (Trp) ในระหว่างการสังเคราะห์ เนื่องจากกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยป้องกันกลุ่มเอมีนของทริปโตเฟนไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ ในขั้นตอนการสร้างพันธะเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีความจำเพาะเจาะจงสูง เนื่องจาก D-Trp (ทริปโตเฟนรูปแบบ D) มักมีบทบาทสำคัญในการออกแบบโมเลกุลที่มีความเสถียรและประสิทธิภาพสูงในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ