Octenidine dihydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารฆ่าเชื้อและยาฆ่าเชื้อในแอปพลิเคชันทางการแพทย์และสุขอนามัยต่างๆ มีประสิทธิภาพสูงในการฆ่าเชื้อผิวหนังและบาดแผล โดยมักใช้ก่อนการผ่าตัดเพื่อลดความเสี่ยงของการติดเชื้อระหว่างขั้นตอนการผ่าตัด สารนี้ยังใช้ในการรักษาแผลตัด รอยถลอก และแผลไหม้เล็กน้อย เพื่อส่งเสริมการหายโดยป้องกันการปนเปื้อนของจุลินทรีย์

นอกจากการใช้ในด้านการแพทย์มนุษย์แล้ว Octenidine dihydrochloride ยังใช้ในสัตวแพทย์สำหรับวัตถุประสงค์ที่คล้ายกัน เพื่อความสะอาดและฆ่าเชื้อบาดแผลของสัตว์ นอกจากนี้ ยังพบในน้ำยาบ้วนปากและผลิตภัณฑ์ดูแลช่องปาก ซึ่งช่วยควบคุมแบคทีเรียในช่องปากและรักษาสุขอนามัยช่องปาก

นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังใช้ในการฆ่าเชื้อเครื่องมือแพทย์และพื้นผิวในสถานพยาบาล เพื่อช่วยป้องกันการติดเชื้อที่เกิดในโรงพยาบาล กิจกรรมต้านจุลินทรีย์แบบครอบคลุมกว้างทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในกลยุทธ์ควบคุมการติดเชื้อในสาขาต่างๆ