เอนโดนิวคลีเอส BstBI ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการจัดการและวิเคราะห์ DNA โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าในการย่อยด้วยเอนไซม์จำกัด ซึ่งมันตัด DNA ที่ตำแหน่งการจดจำเฉพาะ ทำให้สามารถศึกษาเนื้อพันธุกรรมได้ เอนไซม์นี้มักใช้ในการทดลองโคลนเพื่อสร้างการตัดที่แม่นยำในสาย DNA เพื่ออำนวยความสะดวกในการแทรกชิ้นส่วน DNA จากต่างชนิดเข้าไปในเวกเตอร์ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการ genotyping และ DNA fingerprinting โดยการสร้างลายเส้นชิ้นส่วนที่แตกต่างสำหรับการระบุตัวตน คุณสมบัติที่ทนความร้อนทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานที่ต้องการอุณหภูมิสูง เช่น ในบางโปรโตคอลของ polymerase chain reaction (PCR) โดยรวมแล้ว มันเป็นเครื่องมือสำคัญในวิศวกรรมพันธุกรรมและการวิจัยเทคโนโลยีชีวภาพ