เอนโดนิวคลีเอส DpnII ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการวิเคราะห์และตัด DNA ที่มีลำดับเบสจำเพาะ โดยมักใช้ในการเตรียมตัวอย่าง DNA สำหรับการโคลนนิ่งยีน การวิเคราะห์ลำดับเบส (Sequencing) และการสร้างแผนที่พันธุกรรม (Genetic Mapping) นอกจากนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการศึกษาการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรม (Mutation Analysis) และการตรวจสอบรูปแบบเมทิลเลชันของ DNA (Methylation Analysis) ซึ่งช่วยให้เข้าใจกลไกการควบคุมการแสดงออกของยีนได้ดียิ่งขึ้น