Endonuclease PacI ใช้ในการตัด DNA ที่ตำแหน่งเฉพาะที่มีลำดับเบสจำเพาะ โดยมักใช้ในงานวิศวกรรมพันธุกรรมเพื่อสร้างชิ้นส่วน DNA ที่ต้องการ ยีนส์บำบัด และการโคลนนิ่งโมเลกุล DNA นอกจากนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล เพื่อศึกษาการทำงานของยีนและกระบวนการทางพันธุกรรม การใช้ Endonuclease PacI ช่วยให้สามารถแยกและจัดเรียงลำดับ DNA ได้อย่างแม่นยำ ซึ่งเป็นประโยชน์ในการพัฒนาวิธีการรักษาใหม่ๆ และการทำความเข้าใจกลไกทางชีววิทยาที่ซับซ้อน