เอนโดนิวคลีเอส SaII ใช้หลักในการจัดการและวิเคราะห์ DNA ในชีววิทยาระดับโมเลกุล โดยใช้ในการตัด DNA ที่ตำแหน่งการจดจำเฉพาะ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการวิศวกรรมพันธุกรรมและการทดลองโคลน ผู้วิจัยใช้เพื่อสร้างการตัดที่แม่นยำในสาย DNA เพื่ออำนวยความสะดวกในการแทรกหรือลบวัสดุทางพันธุกรรม เอนไซม์นี้ยังมีบทบาทสำคัญในการศึกษาคุณสมบัติและโครงสร้างของ DNA รวมถึงการเตรียมชิ้นส่วน DNA สำหรับการจัดลำดับ ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในแอปพลิเคชันเทคโนโลยีชีวภาพต่างๆ รวมถึงการพัฒนาสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมและการผลิตโปรตีนรีคอมบิแนนท์