เอนโดนิวคลีเอส SspI ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานด้านชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการตัด DNA ที่ลำดับเฉพาะ ซึ่งช่วยในการวิเคราะห์และจัดการกับ DNA ในหลากหลายขั้นตอน ตัวอย่างเช่น ใช้ในกระบวนการโคลนนิ่งยีน เพื่อตัดและแยกส่วนของ DNA ที่ต้องการก่อนนำไปเชื่อมต่อกับเวกเตอร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างแผนที่จำแนก DNA (Restriction Mapping) เพื่อระบุตำแหน่งของการตัดบนโมเลกุล DNA ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการศึกษาลำดับและโครงสร้างของ DNA อีกทั้งยังมีบทบาทในการวิเคราะห์ความแปรผันทางพันธุกรรม (Genetic Variation) โดยการตัด DNA ที่ตำแหน่งเฉพาะเพื่อตรวจสอบความแตกต่างของลำดับเบส