Sepharose CL-6B ใช้เป็นตัวกลางในการกรองและแยกสารชีวโมเลกุล เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก และไวรัส ด้วยคุณสมบัติของเม็ดเจลที่มีรูพรุนขนาดใหญ่ ทำให้เหมาะสำหรับการแยกสารที่มีขนาดโมเลกุลใหญ่ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการโครมาโทกราฟีแบบเจลฟิลเทรชัน (Gel Filtration Chromatography) เพื่อแยกและวิเคราะห์สารตามขนาดโมเลกุล อีกทั้งยังใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล เช่น การทำให้บริสุทธิ์ของโปรตีนหรือเอนไซม์ และการศึกษาปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุล