เมทเทนซัลโฟโนไฮดราซิดถูกใช้หลัก ๆ เป็นสารเคมีในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมไฮดราซโซนและสารประกอบที่มีไนโตรเจนอื่น ๆ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยา ช่วยในการก่อตัวของส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง บทบาทในเคมีโพลิเมอร์ก็สำคัญ โดยสามารถทำหน้าที่เป็นสารเชื่อมขวางหรือตัวเริ่มปฏิกิริยาในการผลิตโพลิเมอร์พิเศษ นอกจากนี้ เมทเทนซัลโฟโนไฮดราซิดยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการพัฒนาสารเคมีใหม่และการศึกษากลไกปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์ไฮดราซิด