ใช้หลัก ๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ 2,4,6-Trimethoxybenzenethiol ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน มักถูกนำมาใช้ในการพัฒนายา โดยโครงสร้างของมันช่วยในการก่อตัวของสารประกอบที่มีกำมะถัน นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และสารเคลือบผิว ซึ่งกลุ่ม thiol ของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการเชื่อมขวาง กลุ่ม methoxy ของมันยังมีประโยชน์ในการเตรียมลิแกนด์สำหรับระบบเร่งปฏิกิริยา ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยา