ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่อิงวงแหวนไทโอฟีน หมู่ฟังก์ชันต่าง ๆ รวมถึงโบรมีน คลอรีน และกรดคาร์บอกซิลิก ช่วยให้สามารถปรับแต่งแบบเลือกสรรได้ เช่น การแทนที่นิวคลีโอไฟล์และปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งที่เร่งด้วยพาลลาเดียมหรือทองแดงเพื่อการเชื่อมพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารอินทรียซับซ้อนในขั้นตอนน้อย นิยมนำมาใช้ในการเตรียมยาต้านเชื้อรา ต้านแบคทีเรีย และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตโพลิเมอร์พิเศษและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากธรรมชาติที่อิเล็กตรอนอุดมสมบูรณ์ของวงแหวนไทโอฟีน