5-Hexynenitrile ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น กลุ่มฟังก์ชันอัลไคน์และไนไตรล์ของมันทำให้มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาต่างๆ รวมถึงไซโคลอะดีชัน การโพลิเมอไรเซชัน และปฏิกิริยาครอส-คัปพลิง มันมักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ สารเคมีเกษตร และสารเคมีเฉพาะทาง ซึ่งคุณสมบัติการตอบสนองของมันช่วยให้สามารถนำเสนอกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะหรือการก่อตัวของสารประกอบวงแหวน นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารกลางสำหรับวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการพัฒนาโพลิเมอร์และวัสดุขั้นสูงที่มีคุณสมบัติปรับแต่งได้ การประยุกต์ใช้ของมันยังขยายไปสู่การวิจัยและพัฒนา ซึ่งใช้ในการสำรวจเส้นทางสังเคราะห์ใหม่และกระบวนการเร่งปฏิกิริยา